Naturpark Mølleåens hovedrute (Tur 1) byder på mange karakteristiske eksempler på Naturparkens natur. Den fører fra Farum til Ølstykke gennem Mølleådalens lysåbne kalkrige blomsterenge (bl.a. Småsøerne og Kleved Eng), langs store søer (Farum, Bastrup og Bure Sø) og utilgængelige moser (Sortemosen og Farum Kildeenge). Dalen er omgivet af en række mindre statskove på morænefladen. På den anden side af disse breder det åbne landbrugsland sig omkring de parallelle tunneldale – især i den vestlige del. Her går hovedruten til sidst gennem Slagslunde Skov ned til den isolerede Sperrestrup Ådal og op igen til morænefladen. Undervejs passeres desuden Farums gamle landsby og Farumgård, landets ældste borgruin, Bastruptårnet, og Skenkelsø Mølle – et smukt og spændende udsnit af vores gamle landskab og dets natur. Det omfattende stinet åbner desuden for utallige andre turmuligheder.
Naturparken ligger i historisk sammenhæng på skillelinjen mellem de sydvestlige landbrugssletter og de nordøstlige skove i Nordsjælland. Området, som indtil 2006 dannede grænseområde mellem to amter og seks kommuner, har på grund af tunneldalenes bratte skrænter og vådområder været et relativt utilgængeligt udkantsområde for det moderne samfunds landbrugsmaskiner og anlæg. Det skyldes istidens usædvanlige erosion og forskelligartede aflejringer på netop dette sted, som samtidig har resulteret i en rig variation af landbrugsland, overdrev, skove, enge, moser, åer og søer med forskelligt kalkindhold og vandtilførsel fra skrænternes kildevæld, der skabte vigtige rigkær – dvs. mulighed for meget større biodiversitet på dette sted end normalt. Det forstærkes af, at vandkvaliteten er særdeles god på grund af få belastende landbrugsvirksomheder og nærheden af vandskellet.
70% af Naturparken er fredet eller fredsskov. Der er 8 omfattende fredninger og en række mindre samt de tre store søer. Vådområdernes omgivelser præges af skove, afgræsning, høslæt og 5 store økologiske landbrug, som skaber et forbedret vandmiljø.
Naturparken indeholder 9 statsskove: Ryget Skov, Ganløse Orned, Nyvang, Terkelskov, Farum Lillevang, Ganløse Eged, Krogenlund, Uggeløse Skov og Slagslunde Skov. Desuden indgår et lille hjørne af Nørreskoven, som skaber stimæssige og biologiske forbindelser til Hareskovene og Furesø-området.
Naturparkens akse (Mølleåens tunneldal og omgivelser) er et stort EU Natura 2000-område med udpegning af hele 16 forskellige beskyttelsesværdige naturtyper, som var typiske i skov, mose, eng og overdrev i det gamle danske landskab – hertil kommer habitat for 9 dyre- og plantearter. De er trængt tilbage andre steder af det moderne samfunds anlæg, forurening og effektive landbrug. Her er de bevaret på grund af geologien, den afsondrede beliggenhed i tunneldalene og den tidlige fredning. Derfor kunne tidligere miljøminister Karen Ellemann Jensen i et videointerview i Lokalavisen 27/1 2011 om Naturparken konkludere: “Konkret er det uerstattelig natur. Vi må se på alternativerne [til Ring 5].” Samme betegnelse brugte Danske Naturparkers Nationalkommité i sin begrundelse.
Læs mere om områdets karakter i FNV’s artikler om “Naturparkens natur (inkl. Natura 2000)” og “Statsskovene” samt Miljøministeriets “Natura 2000 basisanalyse 2016-2025” for Natura 2000-område 139. Desuden er enkeltlokaliteterne beskrevet i turguiden.

 



Rørhøgen, som er en af habitatsområdets udpegningsarter, bygger rede i fuglebeskyttetelsesområdet.